Mis actividades de investigación se han centrado en dos líneas. La primera está relacionada con un tipo de contaminación que no ha recibido mucha atención a pesar de su impacto negativo en el ambiente y la salud animal y humana. Me refiero a la liberación masiva de antibióticos en actividades productivas y sus efectos sobre comunidades microbianas no blanco. Como complemento a este abordaje ecológico y ecotoxicológico, también he analizado la resistencia a algunos agentes antimicrobianos en algunos patógenos bacterianos, incluyendo diferentes géneros de bacterias anaerobias y Pseudomonas aeruginosa. La segunda línea de investigación que sigo surge como resultado de mi experiencia en métodos moleculares independientes de cultivo para el análisis de comunidades microbianas complejas. Esta línea hace uso de secuenciación de nueva generación y análisis bioinformáticos de diversa índole para comprender la epidemiología, evolución, patogénesis y de nuevo, resistencia a los antibióticos, de Clostridium difficile